fbpx
Wikipedia

Boom metod

Avqust 25, 2021

Boom metodu (aka Boom nuklein turşusunun çıxarılması metodu ) nuklein turşusunu bioloji nümunədən təcrid etmək üçün bərk fazalı ekstraksiya metodudur. Bu üsul "nuklein turşularının (NA) silisium muncuqlara hopması" ilə xarakterizə olunur.

Baxış

Boom metodu (Boom nuklein turşusunun çıxarılması metodu) "nuklein turşusunu (NA) bioloji nümunələrdən təcrid etmək üçün möhkəm bir faza çıxarma metodudur" . Bu metodun əsası, təsirinə görə bir xaotrop maddə varlığında NA-nı bağlaya bilən silisium muncuqların istifadəsidir. Bioloji nümunələrdən nuklein turşularının təcrid olunması üçün bu üsul ən geniş yayılmış biridir və bu bioloji nümunədən NA-nın kiçik təmizlənməsi üçün sadə, sürətli və etibarlı bir üsul kimi tanınır.

Bu üsul Willem R. Boom et al tərəfindən 1990-cı illərdə icad edilmiş və inkişaf etdirilmişdir. Lakin, yuxarıda qeyd olunan xaotik təsirin özü artıq məlum idi və artıq BOOM metodunun inkişafından əvvəl Vogelstein və Gillespie tərəfindən məlumat verilmişdir. Beləliklə Boom et al.-ın töhfəsi mürəkkəb başlanğıc materialları metodunun optimallaşdırılması ola bilər bədən mayeləri və digər bioloji başlanğıc materialları kimi məhsullar təqdim edir və . Boom metoduna digər şəxslər tərəfindən də oxşar müraciətlər edildi.

Qısa olaraq "silika" sözü SiO 2 kristallarını ifadə edirdi; lakin silisium hissəciklərinin digər formaları mövcuddur. Xüsusilə amorf siliko oksidi və şüşə tozu, alkilsilika, alüminium silikat ( zeolit ) və ya -NH 2 ilə aktivləşdirilmiş silisium, bu metod üçün nuklein turşusunu bağlayan bərk fazalı material kimi uyğundur. Bu gün, "maqnit muncuqlardan istifadə (silikon muncuqlar maqnetik muncuqlar)" ilə xarakterizə olunan Boom metodunun təcəssümləri geniş istifadə olunur. Bu üsulda silisium muncuqları Tajima pipeti, Seçmə qələm (R), Dörd qütb kollektoru, və s. Kimi maqnit muncuq kollektoru tərəfindən tutulur.

Qısa prosedur

 
Şəkil 1: Tajima pipeti və maqnit silisium muncuqları ilə boom üsulu. Tajima pipetinin sxematik quruluşu Şəkil 2-də göstərilmişdir. Aparat və metodlar əsasən immunitet sistemi üçün nəzərdə tutulmuşdur. Bununla birlikdə, nuklein turşularının ekstraksiya təhlili üçün alternativ təcəssüm bu patentdə də qeyd edilmişdir və Şəkil 1-in proseduru ümumiyyətlə Boom metoduna bənzəyir.
 
Şəkil 2: Tajima pipetinin sxematik quruluşu

Nuklein turşusunun Boom metodunun başlanğıc materialından təcrid edilməsi prosesi əsasən 4 addımdan ibarətdir (Şəkil 1).

(a) Lizinq və / və ya başlanğıc materialı homogenləşdirmək . Başlanğıc maddənin lizatı, məsələn, zülal dağıdan fermentlərin iştirakı ilə bir yuyucu vasitə ilə əldə edilir. (b) Xaotrop maddə və silisium muncuqlarını başlanğıc materiala qarışdırmaq . Başlanğıc materialları qarışdırmaq, silisium muncuq NA bağladığı bir chaotropic maddə maddi başlayan lysate Qarışdırma (a) chaotropic maddənin kifayət qədər böyük məbləğlər ilə qarışdırılır. Chaotropic təsirə görə, sərbəst buraxılan-NA, demək olar ki, dərhal silisium muncuqlarına bağlanacaqdır. Bu şəkildə silisium-nuklein turşusu kompleksləri əmələ gəlir. NA və silisium meydana gətirən bağların səbəbləri aşağıdakı hissədə təsvir ediləcəkdir (Əsas prinsiplər). (c) silisium muncuqlarının yuyulması Bu addımda (b) silisium muncuqları çirkləndiriciləri çıxarmaq üçün bir neçə dəfə yuyulur. Silisium-nuklein turşusu komplekslərinin (silisium muncuqlarının) yuyulması prosesi adətən aşağıdakı addımlardan ibarətdir:

  • Maye içərisindəki silika muncuqlarını, məsələn Tajima pipeti (şəkil. 1,2) və ya Pellet-down (sürətli çökmə (santrifüqasiya) və supernatantın atılması (məsələn, bysuction) ilə)
  • Misal üçün, vorteks qarışdırıcısı istifadə edərək, xaotropik duz tərkibli yuyucu tampona yenidən silisium muncuqlar salın.
  • Yenidən yuxarıda göstərilən yuyulma tamponundan yenidən silisium muncuqları yığırıq.
  • Ardıcıl olaraq bir spirtli su [4 qeyd] və aseton ilə yuyulur.
  • Muncuqlar tercihen qurudulacaq.

(d) Bağlı nuklein turşularının ayrılması Bağlı nuklein turşularının silisium muncuqlardan ayrılması. Saf NA, xaotrop maddənin konsentrasiyasını azaltmaqla buferə salınır. Yuyulmuş (və daha yaxşı qurudulmuş) silisium-nuklein turşusu komplekslərində təqdim olunan NA, TE buferi, aqua bidest, ... və s. Kimi elütləşdirmə tamponuna salınır. Elütləşdirmə tamponunun seçimi, təcrid olunmuş NA-nın düşünülmüş istifadəsi ilə müəyyən edilir.

Bu şəkildə saf NA başlanğıc materialdan təcrid olunur.

Təcrübə şəraitinin dəyişməsi ilə, xüsusən reagentlərin (xaotrop maddə, yuyucu bufer və s.) Tərkibinin dəyişdirilməsi ilə daha konkret təcrid oluna bilərik. Məsələn, reagentlərin bəzi tərkibi uzun ds DNT almaq üçün uyğundur, reagentlərin bəzi tərkibi qısa ss RNT üçün uyğundur və s.

Başlanğıc material, məsələn, bütün qan, qan serumu, tüklü qat, sidik, nəcis, serebrospinal maye, sperma, tüpürcək, toxumalar, hüceyrə mədəniyyətləri, qida məhsulları, peyvəndlərdir . və ..., buna görə müxtəlif Başlanğıc bioloji material mövcuddur.

Başlanğıc materialına görə prosedurun optimallaşdırılması üçün, istədiyiniz nuklein turşusunun növləri (DNA / RNA, Xətti / dairəvi, ds / s, uzun / qısa) tələb olunur.

Bu gün, silisium örtülmüş maqnit muncuqlardan istifadə ilə xarakterizə edilən analiz ən yaygın görünür. Buna görə, bu yazıda "silisium muncuqları" başqa cür ifadə edilmədiyi təqdirdə silisium örtülmüş maqnit muncuqları nəzərdə tutur.

Silisium örtülmüş muncuqlar silisiumla örtülmüş müxtəlif maqnit hissəcikləri (maqnit daşıyıcı) tez-tez istifadə olunur. Maqhemit hissəciyi (γ-Fe 2 O 3 ) və maqnetit hissəciyi ( Fe <sub id="mwlw">3</sub> O <sub id="mwmA">4</sub> ), həmçinin ara dəmir oksidi hissəciyi maqnit daşıyıcısı kimi ən uyğun gəlir.

Ümumiyyətlə maqnit muncuqların keyfiyyəti aşağıdakı parametrlərlə xarakterizə olunur:

  • doyma maqnetizasiyası (～ 10-80 A m² / kq (emu / g): Superparamaqnit ),
  • məcburiyyət qüvvəsi (～ 0.80-15.92 kA / m),
  • ölçü diametri (～ 0,1-0,5 mkm),
  • hər hissəciyin kütləsi (～ 2.7   ng), [qeyd 5]
  • kolleksiya asanlığı (daha sonra qeyd ediləcək),
  • tutma qabiliyyəti (daha sonra qeyd ediləcək),
  • Çöküntü nisbəti (30 dəqiqədə ～ 4%),
  • Sahə nisbəti (> 100 m 2 / g),
  • Effektiv sıxlıq (～ 2,5 g / sm 3 ), və
  • Zərrəciklərin sayı (～ 1 x 10 8 hissəcik / mq).

Burada "kolleksiya asanlığı" müəyyən edilir və müqayisə olunur

"maqnit muncuqlar X wt-dan az olmamaqla toplanır  % (～ 90wt)  %) ən az Z mq (～ 20 mg) W mL (～ 1 ml) miqdarında yayıldıqda Y gauss (～ 3000 gauss ) bir maqnit sahəsinin iştirakı ilə T saniyə ərzində (～ 3 saniyə) bioloji bir maddə olan bir nümunənin sulu məhlulu "

və tutma qabiliyyəti müəyyənləşdirilir və müqayisə edilir

"ən az Z mq (～ 20 mq) W mL (～ 1 ml) miqdarında dağıldıqda" hər B mq (～ 1 mg) başına bioloji maddənin ən az A μg (～ 0.4μg) ilə bağlanması. bioloji bir maddə olan bir nümunənin sulu məhlulu. "

Əsas prinsiplər

Bu metodun prinsipi bu chaotropic təsiri olan bu xaotropik agentin iştirakı ilə silisium hissəciklərinin və ya diatomların nuklein turşusu bağlayıcı xüsusiyyətlərinə əsaslanır.

Sadə desək, xaotrop təsir, sulu məhluldakı bir xaotrop anionun suyun quruluşunu pozduğu və hidrofob təsirini zəiflədiyi yerdir.

Geniş mənada "xaotropik agent", zülalların və nuklein turşularının ikincili, üçüncü və ya dördüncü quruluşunu dəyişdirə bilən, lakin ən azı ilkin quruluşu tərk edə bilən hər hansı bir maddənin tərəfdarıdır. Chaotropic duzun sulu həlli bir xaotropik maddədir. Chaotropic anion, hidrogen bağları, van der Waals qüvvələri və hidrofobik təsirlər kimi qeyri-kovalent qüvvələr tərəfindən vasitəçilik edilən inter molekulyar qarşılıqlı təsirlərə müdaxilə edərək sistemin entropiyasını artırır. Bunlara misal olaraq sulu bir həlldir: tiyosyanat ionu, yod ionu, perklorat ionu, nitrat ionu, brom ionu, xlor ionu, asetat ionu, flüor ionu və sulfat ionu və ya bunlarla qarşılıqlı birləşmə. Boom metodunun orijinal üsuluna görə, istifadə edilən xaotropik guanidinium duzu, tercihen guanidinium tiosiyanatdır (GuSCN).

Chaotropic təsirə görə, xaotropik agentin iştirakı ilə NA-nın nəmləndirici suyu bir NA-nın skeletinin fosfat qrupunun fosfodiester bağından götürülür. Beləliklə, fosfat qrupu "məruz qalır" və silisium və məruz qalan fosfat qrupu arasında hidrofobik qarşılıqlı əlaqə yaranır.

Avtomatlaşdırılmış alətlər

Tajima pipeti

Tajima pipetasına əsaslanan nuklein turşusu ekstraksiya aparatı Boom metodunu yerinə yetirmək üçün ən geniş yayılmış vasitələrdən biridir.

Tajima pipette Hideji Tajima tərəfindən icad edilmişdir, təsisçisi və Precision System Elmlər (PSS) prezidenti Inc., dəqiq və ölçü alətlərinin Yapon istehsalçısı. Tajima pipeti, PSS Inc-in əsas texnologiyasıdır PSS Inc Hoffmann-La Roche, Life Technologies, ... və sair kimi bir sıra aparıcı reagent istehsalçıları üçün bu texnologiyaya əsaslanan OEM məhsulunu (məsələn MagNA Pure (R)) təmin edir. Tajima et al sonra. təqdim olundu, kimi oxşar müraciətlər digər tərəflər tərəfindən də verildi.

Tajima pipeti, hədəf bir maddə ilə birləşən maqnit hissəciklərini mayedən maqnit qüvvəsi ilə ayıra və onları bir mayedə dayandıra bilən maqnit hissəciklərinə nəzarət metodu və proseduru həyata keçirir.

Konfiqurasiyalar

Pipetin özü aşağıdakı üzvlərdən ibarət bir aparatdır (bax. Şəkil 2).

pipette ucu olan damarların hər birinə / daxil maye daxil olmaq və aspirat etmək / boşaltmaq üçün qurulmuşdur
ön hissə,
anbar hissəsi,
bir maye keçid
ön hissəni və rezervuar hissəsini birləşdirən,
ayrılıq bölgəsi
bir maqnit sahəsinin təsirinə məruz qalan maye keçiddə və
bir mexanizmdir
maqnetik bir maddəni pipet parçasına çəkmək və ya boşaltmaq üçün pipet hissəsinin daxili hissəsinə mənfi və ya müsbət təzyiq tətbiq etmək üçün
maqnit sahəsi Mənbə
xaricində və pipet ucuna bitişik; və
maqnit sahəsi mənbəyini idarə edən cihaz
maqnit sahəsi mənbəyini sürtmək üçün bir maqnit sahəsini maye keçidin xaricindən və ya ayrı bölgədən çıxarmaq və ya çıxarmaq. Maqnit pipet ucuna yaxınlaşdırıldıqda bir maqnit sahəsi tətbiq olunur; pipet ucundan uzaqlaşdırıldıqda, o maqnit sahəsi çıxarılır.

Tajima pipetlərini özündə birləşdirən bir nuklein turşusu ekstraksiya aparatı adətən aşağıdakılardan ibarətdir:

Yuxarıda göstərilən Tajima pipeti ,
Boruların çoxluğu.
Yuxarıda göstərilən borular üçün boru tutucusunun çoxluğu
Nəqliyyat deməkdir
Tajima pipetini bu boruların çoxluğu arasında nəql etmək (borular boru tutucusu tərəfindən dəstəklənir) və
Nəzarət cihazı
yuxarıda göstərilən cihazları idarə etmək üçün.

Hərəkətlər

(a) Maqnit muncuqların tutulması. </br> Bu əmzikli müddətdə, maqnetik sahə boru ucunun ayrılması bölgəsinə, pipet ucunun kənarından, pipet ucunun xarici tərəfində qurulmuş maqnit ilə tətbiq edildikdə, tərkibində maqnit boncukları olan maye pipetin ayrı bir bölgəsindən keçir. ucu, maqnetik hissəciklər pipet ucunun kafel ayrılması bölgəsinin daxili divarına çəkilir və tutulur.

Sonradan, məhlul maqnit sahəsi altında qaldıqda, maqnetik hissəciklər yalnız pipet ucunun içərisində qalır. Bu şəkildə maqnit hissəcikləri mayedən ayrılır.

Tajima uyğun olaraq, qarışıq maye üstünlük suction hündürlüyü ki, belə deyil

mayenin alt səviyyə maye keçidinin ayrılması bölgəsinin alt ucundan daha yüksəkdir (yəni mayenin alt səviyyəsi maqnitin alt ucundan daha yüksəkdir. ),
bütün qarışıq maye tərtib edildikdə,
aspirasiya edilmiş maqnit hissəciklərinin tamamilə tutulmasını təmin etmək üçün.

Bu zaman, maqnit hissəcikləri yaş olduğundan, pipet ucunun maye keçidinin ayrılması bölgəsinin daxili səthinə yapışır. Pipetin ucu P köçürülərsə və ya nəql olunarsa, maqnit hissəcikləri asanlıqla çıxmaz.

(b) Tutulan maqnit muncuqlarının yenidən asılması. </br>

Maqnit hissəcikləri yuxarıda göstərilən qaydada tutulduqdan sonra (a),

beləliklə maqnit hissəciklərindən çıxarılan qarışıq maye, maye yerləşdirmə hissəsinə (Gəmi) axıdılır və qurudulur, yalnız pipet ucunda qalan maqnit hissəcikləri,

yenidən dayandırma əməliyyatını edə bilərik.

Tutulan maqnetik muncuqların yenidən asılması ətraflı şəkildə, aşağıdakı addımlardan ibarətdir. Səbəb olaraq, bu maqnit materialının yuxarıda göstərilən şəkildə tutulduğunu hesab edirik.

  • Tampon kimi yuyucu maye əlavə edin
  • Bir maqnit sahəsinin tətbiqindən çıxın
"Bir maqnit sahəsinin tətbiqini dayandırın" ilə maqnit hissəcikləri mayedə dayandırılır.
  • Mayenin (məsələn, yuyulma buferi) pipet ucundan gəmiyə axıdılması (maqnit gövdəsinin yaratdığı maqnit qüvvəsi vəziyyətində kəsilir). ).

Tajima pipetini özündə cəmləşdirən nuklein turşusu ekstraksiya aparatlarının işlərinə bir qayda olaraq Şəkil 1-də göstərildiyi kimi.

Maqnit hissəciklərini çəkən cihazın digər növ metoduna nümunələr aşağıdakılardır.

  • Qələm növü ələ keçirmə
  • Boru növü ələ keçirmə

Həmçinin bax

  • Chaotropic agent
  • DNT çıxarılması
  • Silisium adsorbsiyası ilə DNT-nin ayrılması
  • Etanol yağıntısı
  • Minicolumn təmizlənməsi
  • Nuklein turşusu üsulları
  • Fenol-xloroformun çıxarılması
  • RNT hasilatı

Şablon:NoteFoot

İstinadlar

  1. ↑ Boom, et. al; US5234809, EP0389063 and their family patents.
  2. ↑ R Boom, C J Sol, M M Salimans, C L Jansen, P M Wertheim-van Dillen and J van der Noordaa;"Rapid and simple method for purification of nucleic acids."J. Clin. Microbiol. March 1990 vol. 28 no. 3 495-503
  3. ↑ Matti Korpela; US6468810
  4. ↑ Technical Notes by Bio-Nobile brand
  5. https://www.hanc.info/labs/labresources/procedures/ACTGIMPAACT%20Lab%20Manual/Standard%20Roche%20Monitor%20Test,%20Boom%20Extraction.pdf[ölü keçid]
  6. How do SPRI beads work?
  7. DNA Extraction Methods For Large Blood Volumes
  8. B Vogelstein and D Gillespie;"Preparative and analytical purification of DNA from agarose" PNAS 1979 vol. 76 no. 2 pp.615-619
  9. ↑ Hideji Tajima;US6509193
    Apparatus and methods on this patent are mainly intended to the immune system. However, alternative embodiment for nucleic acids extraction assay are also mentioned in this patent and procedure of Fig.1 is generally similar to Boom method.
  10. maxXbond: first regeneration system for DNA binding silica matrices KH Esser, WH Marx, T Lisowsky – Nature Methods| Application Notes, 2006 see also,

Avqust 25, 2021
boom, metod, məqaləni, vikiləşdirmək, lazımdır, lütfən, məqaləni, ümumvikipediya, redaktə, qaydalarına, uyğun, şəkildə, tərtib, edin, boom, nuklein, turşusunun, çıxarılması, metodu, nuklein, turşusunu, bioloji, nümunədən, təcrid, etmək, üçün, bərk, fazalı, eks. Bu meqaleni vikilesdirmek lazimdir Lutfen meqaleni umumvikipediya ve redakte qaydalarina uygun sekilde tertib edin Boom metodu aka Boom nuklein tursusunun cixarilmasi metodu nuklein tursusunu bioloji numuneden tecrid etmek ucun berk fazali ekstraksiya metodudur Bu usul nuklein tursularinin NA silisium muncuqlara hopmasi ile xarakterize olunur Mundericat 1 Baxis 2 Qisa prosedur 3 Esas prinsipler 4 Avtomatlasdirilmis aletler 4 1 Tajima pipeti 4 1 1 Konfiqurasiyalar 4 1 2 Hereketler 5 Hemcinin bax 6 IstinadlarBaxis RedakteBoom metodu Boom nuklein tursusunun cixarilmasi metodu 1 2 3 4 5 6 nuklein tursusunu NA bioloji numunelerden tecrid etmek ucun mohkem bir faza cixarma metodudur 7 Bu metodun esasi tesirine gore bir xaotrop madde varliginda NA ni baglaya bilen silisium muncuqlarin istifadesidir Bioloji numunelerden nuklein tursularinin tecrid olunmasi ucun bu usul en genis yayilmis biridir ve bu bioloji numuneden NA nin kicik temizlenmesi ucun sade suretli ve etibarli bir usul kimi taninir Bu usul Willem R Boom et al terefinden 1990 ci illerde icad edilmis ve inkisaf etdirilmisdir Lakin yuxarida qeyd olunan xaotik tesirin ozu artiq melum idi ve artiq BOOM metodunun inkisafindan evvel Vogelstein ve Gillespie terefinden 8 melumat verilmisdir Belelikle Boom et al in tohfesi murekkeb baslangic materiallari metodunun optimallasdirilmasi ola biler 1 beden mayeleri ve diger bioloji baslangic materiallari kimi mehsullar teqdim edir ve Boom metoduna diger sexsler terefinden de oxsar muracietler edildi Qisa olaraq silika sozu SiO 2 kristallarini ifade edirdi lakin silisium hisseciklerinin diger formalari movcuddur Xususile amorf siliko oksidi ve suse tozu alkilsilika aluminium silikat zeolit ve ya NH 2 ile aktivlesdirilmis silisium bu metod ucun nuklein tursusunu baglayan berk fazali material kimi uygundur Bu gun maqnit muncuqlardan istifade silikon muncuqlar maqnetik muncuqlar ile xarakterize olunan Boom metodunun tecessumleri genis istifade olunur Bu usulda silisium muncuqlari Tajima pipeti 9 Secme qelem R 3 4 Dord qutb kollektoru ve s Kimi maqnit muncuq kollektoru terefinden tutulur Qisa prosedur Redakte Sekil 1 Tajima pipeti ve maqnit silisium muncuqlari ile boom usulu Tajima pipetinin sxematik qurulusu Sekil 2 de gosterilmisdir Aparat ve metodlar esasen immunitet sistemi ucun nezerde tutulmusdur Bununla birlikde nuklein tursularinin ekstraksiya tehlili ucun alternativ tecessum bu patentde de qeyd edilmisdir ve Sekil 1 in proseduru umumiyyetle Boom metoduna benzeyir Sekil 2 Tajima pipetinin sxematik qurulusuNuklein tursusunun Boom metodunun baslangic materialindan tecrid edilmesi prosesi esasen 4 addimdan ibaretdir 1 2 3 4 Sekil 1 a Lizinq ve ve ya baslangic materiali homogenlesdirmek Baslangic maddenin lizati meselen zulal dagidan fermentlerin istiraki ile bir yuyucu vasite ile elde edilir b Xaotrop madde ve silisium muncuqlarini baslangic materiala qarisdirmaq Baslangic materiallari qarisdirmaq silisium muncuq NA bagladigi bir chaotropic madde maddi baslayan lysate Qarisdirma a chaotropic maddenin kifayet qeder boyuk meblegler ile qarisdirilir Chaotropic tesire gore serbest buraxilan NA demek olar ki derhal silisium muncuqlarina baglanacaqdir Bu sekilde silisium nuklein tursusu kompleksleri emele gelir NA ve silisium meydana getiren baglarin sebebleri asagidaki hissede tesvir edilecekdir Esas prinsipler c silisium muncuqlarinin yuyulmasi Bu addimda b silisium muncuqlari cirklendiricileri cixarmaq ucun bir nece defe yuyulur Silisium nuklein tursusu komplekslerinin silisium muncuqlarinin yuyulmasi prosesi adeten asagidaki addimlardan ibaretdir Maye icerisindeki silika muncuqlarini meselen Tajima pipeti sekil 1 2 ve ya Pellet down suretli cokme santrifuqasiya ve supernatantin atilmasi meselen bysuction ile Misal ucun vorteks qarisdiricisi istifade ederek xaotropik duz terkibli yuyucu tampona yeniden silisium muncuqlar salin Yeniden yuxarida gosterilen yuyulma tamponundan yeniden silisium muncuqlari yigiriq Ardicil olaraq bir spirtli su 4 qeyd ve aseton ile yuyulur Muncuqlar tercihen qurudulacaq d Bagli nuklein tursularinin ayrilmasi Bagli nuklein tursularinin silisium muncuqlardan ayrilmasi Saf NA xaotrop maddenin konsentrasiyasini azaltmaqla bufere salinir Yuyulmus ve daha yaxsi qurudulmus silisium nuklein tursusu komplekslerinde teqdim olunan NA TE buferi aqua bidest ve s Kimi elutlesdirme tamponuna salinir Elutlesdirme tamponunun secimi tecrid olunmus NA nin dusunulmus istifadesi ile mueyyen edilir Bu sekilde saf NA baslangic materialdan tecrid olunur Tecrube seraitinin deyismesi ile xususen reagentlerin xaotrop madde yuyucu bufer ve s Terkibinin deyisdirilmesi ile daha konkret tecrid oluna bilerik Meselen reagentlerin bezi terkibi uzun ds DNT almaq ucun uygundur reagentlerin bezi terkibi qisa ss RNT ucun uygundur ve s Baslangic material meselen butun qan qan serumu tuklu qat sidik necis serebrospinal maye sperma tupurcek toxumalar huceyre medeniyyetleri qida mehsullari peyvendlerdir ve buna gore muxtelif Baslangic bioloji material movcuddur Baslangic materialina gore prosedurun optimallasdirilmasi ucun istediyiniz nuklein tursusunun novleri DNA RNA Xetti dairevi ds s uzun qisa teleb olunur Bu gun silisium ortulmus maqnit muncuqlardan istifade ile xarakterize edilen analiz en yaygin gorunur Buna gore bu yazida silisium muncuqlari basqa cur ifade edilmediyi teqdirde silisium ortulmus maqnit muncuqlari nezerde tutur Silisium ortulmus muncuqlar silisiumla ortulmus muxtelif maqnit hissecikleri maqnit dasiyici tez tez istifade olunur Maqhemit hisseciyi g Fe 2 O 3 ve maqnetit hisseciyi Fe lt sub id mwlw gt 3 lt sub gt O lt sub id mwmA gt 4 lt sub gt hemcinin ara demir oksidi hisseciyi maqnit dasiyicisi kimi en uygun gelir Umumiyyetle maqnit muncuqlarin keyfiyyeti asagidaki parametrlerle xarakterize olunur doyma maqnetizasiyasi 10 80 A m kq emu g Superparamaqnit mecburiyyet quvvesi 0 80 15 92 kA m olcu diametri 0 1 0 5 mkm her hisseciyin kutlesi 2 7 ng qeyd 5 kolleksiya asanligi daha sonra qeyd edilecek tutma qabiliyyeti daha sonra qeyd edilecek Cokuntu nisbeti 30 deqiqede 4 Sahe nisbeti gt 100 m 2 g Effektiv sixliq 2 5 g sm 3 ve Zerreciklerin sayi 1 x 10 8 hissecik mq Burada kolleksiya asanligi mueyyen edilir ve muqayise olunur maqnit muncuqlar X wt dan az olmamaqla toplanir 90wt en az Z mq 20 mg W mL 1 ml miqdarinda yayildiqda Y gauss 3000 gauss bir maqnit sahesinin istiraki ile T saniye erzinde 3 saniye bioloji bir madde olan bir numunenin sulu mehlulu ve tutma qabiliyyeti mueyyenlesdirilir ve muqayise edilir en az Z mq 20 mq W mL 1 ml miqdarinda dagildiqda her B mq 1 mg basina bioloji maddenin en az A mg 0 4mg ile baglanmasi bioloji bir madde olan bir numunenin sulu mehlulu Esas prinsipler RedakteBu metodun prinsipi 1 2 3 4 bu chaotropic tesiri olan bu xaotropik agentin istiraki ile silisium hisseciklerinin ve ya diatomlarin nuklein tursusu baglayici xususiyyetlerine esaslanir Sade desek xaotrop tesir sulu mehluldaki bir xaotrop anionun suyun qurulusunu pozdugu ve hidrofob tesirini zeiflediyi yerdir 10 Genis menada xaotropik agent zulallarin ve nuklein tursularinin ikincili ucuncu ve ya dorduncu qurulusunu deyisdire bilen lakin en azi ilkin qurulusu terk ede bilen her hansi bir maddenin terefdaridir Chaotropic duzun sulu helli bir xaotropik maddedir Chaotropic anion hidrogen baglari van der Waals quvveleri ve hidrofobik tesirler kimi qeyri kovalent quvveler terefinden vasitecilik edilen inter molekulyar qarsiliqli tesirlere mudaxile ederek sistemin entropiyasini artirir Bunlara misal olaraq sulu bir helldir tiyosyanat ionu yod ionu perklorat ionu nitrat ionu brom ionu xlor ionu asetat ionu fluor ionu ve sulfat ionu ve ya bunlarla qarsiliqli birlesme Boom metodunun orijinal usuluna gore istifade edilen xaotropik guanidinium duzu tercihen guanidinium tiosiyanatdir GuSCN Chaotropic tesire gore xaotropik agentin istiraki ile NA nin nemlendirici suyu bir NA nin skeletinin fosfat qrupunun fosfodiester bagindan goturulur Belelikle fosfat qrupu meruz qalir ve silisium ve meruz qalan fosfat qrupu arasinda hidrofobik qarsiliqli elaqe yaranir Avtomatlasdirilmis aletler RedakteTajima pipeti Redakte Tajima pipetasina 9 esaslanan nuklein tursusu ekstraksiya aparati Boom metodunu yerine yetirmek ucun en genis yayilmis vasitelerden biridir Tajima pipette Hideji Tajima terefinden icad edilmisdir tesiscisi ve Precision System Elmler PSS prezidenti Inc deqiq ve olcu aletlerinin Yapon istehsalcisi Tajima pipeti PSS Inc in esas texnologiyasidir PSS Inc Hoffmann La Roche Life Technologies ve sair kimi bir sira aparici reagent istehsalcilari ucun bu texnologiyaya esaslanan OEM mehsulunu meselen MagNA Pure R temin edir Tajima et al sonra teqdim olundu kimi oxsar muracietler diger terefler terefinden de verildi Tajima pipeti hedef bir madde ile birlesen maqnit hisseciklerini mayeden maqnit quvvesi ile ayira ve onlari bir mayede dayandira bilen maqnit hisseciklerine nezaret metodu ve proseduru heyata kecirir Konfiqurasiyalar Redakte Pipetin ozu asagidaki uzvlerden ibaret bir aparatdir bax Sekil 2 pipette ucu olan damarlarin her birine daxil maye daxil olmaq ve aspirat etmek bosaltmaq ucun qurulmusduron hisse anbar hissesi bir maye kecidon hisseni ve rezervuar hissesini birlesdiren dd ayriliq bolgesibir maqnit sahesinin tesirine meruz qalan maye kecidde ve dd bir mexanizmdirmaqnetik bir maddeni pipet parcasina cekmek ve ya bosaltmaq ucun pipet hissesinin daxili hissesine menfi ve ya musbet tezyiq tetbiq etmek ucun dd dd maqnit sahesi Menbexaricinde ve pipet ucuna bitisik ve dd maqnit sahesi menbeyini idare eden cihazmaqnit sahesi menbeyini surtmek ucun bir maqnit sahesini maye kecidin xaricinden ve ya ayri bolgeden cixarmaq ve ya cixarmaq Maqnit pipet ucuna yaxinlasdirildiqda bir maqnit sahesi tetbiq olunur pipet ucundan uzaqlasdirildiqda o maqnit sahesi cixarilir dd Tajima pipetlerini ozunde birlesdiren bir nuklein tursusu ekstraksiya aparati adeten asagidakilardan ibaretdir Yuxarida gosterilen Tajima pipeti Borularin coxlugu Yuxarida gosterilen borular ucun boru tutucusunun coxlugu Neqliyyat demekdirTajima pipetini bu borularin coxlugu arasinda neql etmek borular boru tutucusu terefinden desteklenir ve dd Nezaret cihaziyuxarida gosterilen cihazlari idare etmek ucun dd Hereketler Redakte a Maqnit muncuqlarin tutulmasi lt br gt Bu emzikli muddetde maqnetik sahe boru ucunun ayrilmasi bolgesine pipet ucunun kenarindan pipet ucunun xarici terefinde qurulmus maqnit ile tetbiq edildikde terkibinde maqnit boncuklari olan maye pipetin ayri bir bolgesinden kecir ucu maqnetik hissecikler pipet ucunun kafel ayrilmasi bolgesinin daxili divarina cekilir ve tutulur Sonradan mehlul maqnit sahesi altinda qaldiqda maqnetik hissecikler yalniz pipet ucunun icerisinde qalir Bu sekilde maqnit hissecikleri mayeden ayrilir Tajima uygun olaraq qarisiq maye ustunluk suction hundurluyu ki bele deyil mayenin alt seviyye maye kecidinin ayrilmasi bolgesinin alt ucundan daha yuksekdir yeni mayenin alt seviyyesi maqnitin alt ucundan daha yuksekdir butun qarisiq maye tertib edildikde aspirasiya edilmis maqnit hisseciklerinin tamamile tutulmasini temin etmek ucun dd Bu zaman maqnit hissecikleri yas oldugundan pipet ucunun maye kecidinin ayrilmasi bolgesinin daxili sethine yapisir Pipetin ucu P kocurulerse ve ya neql olunarsa maqnit hissecikleri asanliqla cixmaz b Tutulan maqnit muncuqlarinin yeniden asilmasi lt br gt Maqnit hissecikleri yuxarida gosterilen qaydada tutulduqdan sonra a belelikle maqnit hisseciklerinden cixarilan qarisiq maye maye yerlesdirme hissesine Gemi axidilir ve qurudulur yalniz pipet ucunda qalan maqnit hissecikleri dd yeniden dayandirma emeliyyatini ede bilerik Tutulan maqnetik muncuqlarin yeniden asilmasi etrafli sekilde asagidaki addimlardan ibaretdir Sebeb olaraq bu maqnit materialinin yuxarida gosterilen sekilde tutuldugunu hesab edirik Tampon kimi yuyucu maye elave edin Bir maqnit sahesinin tetbiqinden cixin Bir maqnit sahesinin tetbiqini dayandirin ile maqnit hissecikleri mayede dayandirilir dd Mayenin meselen yuyulma buferi pipet ucundan gemiye axidilmasi maqnit govdesinin yaratdigi maqnit quvvesi veziyyetinde kesilir Tajima pipetini ozunde cemlesdiren nuklein tursusu ekstraksiya aparatlarinin islerine bir qayda olaraq Sekil 1 de gosterildiyi kimi Maqnit hisseciklerini ceken cihazin diger nov metoduna numuneler asagidakilardir Qelem novu ele kecirme 3 4 Boru novu ele kecirmeHemcinin bax RedakteChaotropic agent DNT cixarilmasi Silisium adsorbsiyasi ile DNT nin ayrilmasi Etanol yagintisi Minicolumn temizlenmesi Nuklein tursusu usullari Fenol xloroformun cixarilmasi RNT hasilatiSablon NoteFootIstinadlar Redakte 1 2 3 4 Boom et al US5234809 EP0389063 and their family patents 1 2 3 R Boom C J Sol M M Salimans C L Jansen P M Wertheim van Dillen and J van der Noordaa Rapid and simple method for purification of nucleic acids J Clin Microbiol March 1990 vol 28 no 3 495 503 1 2 3 4 5 Matti Korpela US6468810 1 2 3 4 5 Technical Notes by Bio Nobile brand https www hanc info labs labresources procedures ACTGIMPAACT 20Lab 20Manual Standard 20Roche 20Monitor 20Test 20Boom 20Extraction pdf olu kecid How do SPRI beads work DNA Extraction Methods For Large Blood Volumes B Vogelstein and D Gillespie Preparative and analytical purification of DNA from agarose PNAS 1979 vol 76 no 2 pp 615 619 1 2 Hideji Tajima US6509193 Apparatus and methods on this patent are mainly intended to the immune system However alternative embodiment for nucleic acids extraction assay are also mentioned in this patent and procedure of Fig 1 is generally similar to Boom method maxXbond first regeneration system for DNA binding silica matrices KH Esser WH Marx T Lisowsky Nature Methods Application Notes 2006 see also Menbe https az wikipedia org w index php title Boom metod amp oldid 6076998, wikipedia, oxu, kitab, kitabxana, axtar, tap, hersey,

ne axtarsan burda

, en yaxsi meqale sayti, meqaleler, kitablar, oyrenmek, wiki, bilgi, tarix, seks, porno, indir, yukle, sex, azeri sex, azeri, seks yukle, sex yukle, izle, seks izle, porno izle, mobil seks, telefon ucun, chat, azeri chat, tanisliq, tanishliq, azeri tanishliq, sayt, medeni, medeni saytlar, chatlar, mekan, tanisliq mekani, mekanlari, yüklə, pulsuz, pulsuz yüklə, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, şəkil, muisiqi, mahnı, kino, film, kitab, oyun, oyunlar.