Vikipediya azad ensiklopediya Riboz fosfat polimerini əmələ gətirmək üçün kondensasiya reaksiyasında qalan bir pirofosfa

Vikipediya azad ensiklopediya Riboz fosfat polimerini emele getirmek ucun kondensasiya reaksiyasinda qalan bir pirofosfat qrupu Nuklein tursusu onurga sutununun esasini teskil eden fosfodiester bagi yaratmaq ucun adenin ve kondensasiyasi DNT kondensasiyasi in vitro ve ya in vivo seraitde DNT molekullarinin sixlasma prosesi DNT qablasdirma mexanizminin teferruatlari canli sistemlerde gen tenzimlenmesi prosesinde islemesi ucun vacibdir Kondensasiya olunmus DNT tez tez klassik seyreltilmis mehlul konsepsiyasindan proqnozlasdirila bilmeyen inanilmaz xususiyyetlere malikdir Belelikle in vitro DNT kondensasiyasi fizika biokimya ve biologiyadaki bir cox proses ucun numune sistemdir Bundan elave DNT kondensasiyasinin tibb ve biotexnologiyada bir cox potensial tetbiqi vardir DNT nin diametri texminen 2 nm dir ve genislenmis tek bir molekulun uzunlugu orqanizme gore bir nece on santimetre cata biler DNT cut zencirinin bir cox xususiyyeti seker fosfat onurga sutununun mexaniki xususiyyetleri fosfatlar arasindaki elektrostatik iteleme DNT ikiqat zencirin her 0 17 nm ucun orta hesabla bir elementar menfi yuk dasiyir ustelik her bir ferdi ipin esaslari ile iplik iplik qarsiliqli elaqeleri DNT en sert tebii polimerlerden biridir eyni zamanda en uzun molekullardan biridir Bu o demekdir ki uzun mesafelerde DNT ye cevik bir ip qisa bir miqyasda ise sert bir cubuq kimi baxila biler Bir bag hortumu kimi tesadufi olaraq paketden cixarilan DNT sifaris verildiyinden daha cox hecm alir Riyazi olaraq uc olculu fezada tesadufi sepelenen qarsiliqli elaqesi olmayan cevik bir zencir ucun ucdan uca mesafe polimer uzunlugunun kvadrat koku kimi olculur DNA kimi heqiqi polimerler ucun bu cox kobud bir texmindir vacib olan in vivo DNA ucun movcud yerin mehluldaki serbest diffuziya veziyyetinde tutacagi yerden qat qat az olmasidir Hecm mehdudiyyetlerinin ohdesinden gelmek ucun DNT ionlar ve diger molekullarla uygun hell seraitinde ozunu qablasdira biler Umumiyyetle DNT kondensasiyasi genislenmis DNT zencirlerinin yalniz bir ve ya bir nece molekulu ehtiva eden kompakt sifarisli hisseciklere cevrilmesi olaraq teyin edilir Bu terif bir cox in vitro veziyyete aiddir ve eyni zamanda bakteriyalardaki DNT kondensasiyasinin movcud hecmin bir hissesini tutan nisbeten konsentrasiyali kompakt bir veziyyetin qebul edilmesi kimi terifine yaxindir Eukariotlarda DNT nin olcusu ve istirak eden diger oyuncularin sayi daha boyukdur ve DNT molekulu bir cox DNT qablasdirma seviyyesinden yalniz birincisi olan milyonlarla nizamlanmis nukleoprotein hisseciklerini nukleosomlari meydana getirir Heyat span Viruslar span Viruslarda ve bakteriofaqlarda DNT ve ya RNT bir protein kapsidi ile ehate olunur bezen elave olaraq lipid membranla ortulur Iki telli DNT muxtelif nov rulonlara sahib ola bileceyi ve neticede muxtelif maye kristal ambalajlarla neticelene bileceyi bir kapsidin icerisinde saxlanilir Bu qablasdirma faqin fealiyyetinin muxtelif merhelelerinde altibucaqlidan xolesterik ve ya izotropik deyise biler Ikili zencirlar her zaman lokal olaraq duzulseda da viruslarin icindeki DNT surusken olmadigi ucun heqiqi maye kristallari deyil Diger terefden in vitro qatilasdirilmis DNT meselen viruslarda da movcud olan poliaminlerle hem yerli olaraq hem de mayelidir Bakteriyalar span Bakteriya ve eukariotlarin genom teskilatinin esas vahidleri Bakterial DNT nukleoid ile elaqeli zulal adlanan poliaminler ve zulallarla doludur Zulalla elaqeli DNT huceyredaxili hecmin texminen 1 4 hissesini tutur ve nukleoid adlanan maye kristal xususiyyetlerine sahib konsentrat bir ozluluk fazi emele getirir Oxsar DNT qablasdirmasi xloroplastlarda ve mitoxondriyada da movcuddur Bakterial DNT ye bezen bakterial xromosom deyilir Tekamul eden bir bakterial nukleoid viruslardaki zulalsiz DNT qablasdirma ile eukaryotlarda zulal ile teyin olunmus qablasdirma arasindaki ara muhendislik hellidir Esxerixia coli deki qiz xromosomlar sixlasmaq ve cutlesmek ucun stres sertleri sebeb olur Stressle elaqeli kondensasiya fermuar kimi qiz xromosomlarin tesadufi olmayan yaxinlasmasi sebebinden bas verir Bu yaxinlasma eyni cut telli DNT molekullarinin bir birlerini konkret olaraq mueyyenlesdirme qabiliyyetinden asili oldugu gorunur bu proses cutlenmis xromosomlar boyunca homoloji sahelerin yaxinliginda sona catir Muxtelif stresli sertlerin bakteriyalarin ikiqat zencirler kimi ciddi DNT zedelenmeleri ile tesirli bir sekilde mubarize aparmasina sebeb oldugu gorunur Stressle elaqeli xromosom kondensasiyasi ile elaqeli homoloji sahelerin muqayisesi ikiqat zencir qirilma ve diger zedelenmelerin nece duzeldildiyini izah etmeye komek edir Eukariotlar span Eukariotlarda ferqli seviyyelerde DNT kondensasiyasi 1 DNT nin tek zenciri 2 Xromatin zolagi histonlari olan DNT 3 Sentromer ile interfazada xromatin 4 Profaza zamani bir birine qatilmis xromatinin iki nusxesi 5 Metafazda xromosom Tipik uzunlugu on santimetr olan eukarotik DNT nin mikrometre olculu bir nuvede asanliqla elde edilmesi emr edilmelidir Ekser eukaryotlarda DNT histonlarin komeyi ile huceyre nuvesinde yerlesir Bu veziyyetde DNT sixilmasinin esas seviyyesi nukleosomdur ki burada ikiqat zencir her bir histonun H2A H2B H3 ve H4 den iki nusxe olan bir histon oktamerini ehate edir Linker histon H1 DNT ni nukleosomlar arasinda baglayir ve 10 nm boncuklu nuveli nukleosom zolaginin daha six 30 nm life yigilmasini asanlasdirir Xromatin huceyrelerin bolunmesi arasinda vaxtin cox hissesi euxromatin adlanan daha az kompakt bir qurulusla xarakterize olunan aktiv genlere transkripsiya faktorlari ucun asanliqla daxil olmaq ve heteroxromatin adlanan daha six dolmus bolgelerde zulallara catmagi asanlasdirmaq ucun optimize edilmisdir Huceyre bolunmesi zamani kromatinin sixlasmasi onlari iki qizi huceyrenin her birine ceken boyuk mexaniki quvvelerin ohdesinden gele bilecek xromosomlarin meydana gelmesi ile daha da artir Transkripsiyanin bir cox ceheti histon kodu kimi taninan histon zulallarinin kimyevi modifikasiyasi ile idare olunur Dinoflagellatlar DNT lerini nece paketledikleri baximindan cox ferqli eukarotdurlar Onlarin xromosomlari maye kristal halinda doludur Qoruma altindaki histon genlerinin bir coxunu itirdiler ve evezine qablasdirma ucun esasen viral dinoflagellat nukleoproteinleri DVNP ve ya bakterial histona benzer dinoflagellat proteinlerini HLP istifade etdiler Genlere girisi nece idare etdikleri bilinmir histonu qoruyanlarin mueyyen bir histon kodu var Arxeya span Arxeya orqanizmden asili olaraq qablasdirma ucun bakteriyaya benzer HU sisteminden ve ya okaryotik benzer nukleosom sisteminden istifade ede biler Fizika span Uzun cut zolaqli DNT nin kondensasiyasi dar bir yogunlasma agenti konsentrasiyasinda meydana gelen ani bir faza keciddir Ikiqat zencirler qatilasdirilmis fazada bir birine cox yaxinlasdigindan bu su molekulunun yeniden qurulmasina getirib cixarir ki bu da nemlendirme quvvelerine sebeb olur Menfi yuklenmis DNT molekullari arasindaki cazibeni basa dusmek ucun mehluldaki qarsiliqlar arasindaki elaqeler de nezere alinmalidir DNT nin zulallarla yogunlasmasi histerezi gostere biler ki bu da deyisdirilmis modeli ile izah edile biler Gen tenzimlenmesindeki rolu span Hal hazirda gen tenzimlenmesinin tesvirleri seyreldilmis mehlullarda tarazligin baglanmasina yaxinlasmaga esaslanir baxmayaraq ki bu ferziyyelerin eslinde xromatinde pozuldugu aciqdir Seyreldilmis hell teqribi iki sebebden pozulur Birincisi xromatin terkibi seyreltilmekden cox uzaqdir ikincisi daxil olan molekullarin sayi bezen o qeder az olur ki hecm konsentrasiyalari barede danismagin menasi yoxdur Seyreldilmis mehlullardan daha cox ferqlilik zulallarin qatilasdirilmis ve qatilasdirilmamis DNT ile ferqli baglanma yaxinligi sebebinden yaranir Belelikle qatilasdirilmis DNT de reaksiya dereceleri deyise biler ve reagentlerin konsentrasiyasina olan asililigi qeyri xetti ola biler Istinadlar span Teif VB Bohinc K Condensed DNA condensing the concepts Progress in Biophysics and Molecular Biology 105 3 2011 208 22 doi 10 1016 j pbiomolbio 2010 07 002 PMID 20638406 Bloomfield VA DNA condensation Current Opinion in Structural Biology 6 3 1996 334 41 doi 10 1016 S0959 440X 96 80052 2 PMID 8804837 Bloomfield VA DNA condensation by multivalent cations Biopolymers 44 3 1997 269 82 CiteSeerX 10 1 1 475 3765 doi 10 1002 SICI 1097 0282 1997 44 3 lt 269 AID BIP6 gt 3 0 CO 2 T PMID 9591479 Zimmerman SB Murphy LD Macromolecular crowding and the mandatory condensation of DNA in bacteria FEBS Letters 390 3 1996 245 8 doi 10 1016 0014 5793 96 00725 9 PMID 8706869 Shechter N Zaltzman L Weiner A Brumfeld V Shimoni E Fridmann Sirkis Y Minsky A Stress induced condensation of bacterial genomes results in re pairing of sister chromosomes implications for double strand DNA break repair J Biol Chem 288 35 2013 25659 67 doi 10 1074 jbc M113 473025 PMC 3757227 PMID 23884460 Chromosome Scaffold is a Double Stranded Assembly of Scaffold Proteins by Poonperm et al Nature scientific report Arxivlesdirilib 2022 06 17 at the Wayback Machine s Chow MH Yan KTH Bennett MJ Wong JTY Birefringence and DNA condensation of liquid crystalline chromosomes 9 10 2010 1577 87 doi 10 1128 EC 00026 10 PMC 2950428 PMID 20400466 Marinov GK Lynch M Diversity and Divergence of Dinoflagellate Histone Proteins G3 Bethesda 6 2 2016 397 422 doi 10 1534 g3 115 023275 PMC 4751559 PMID 26646152 Riaz S Sui Z Niaz Z Khan S Liu Y Liu H Distinctive Nuclear Features of Dinoflagellates with A Particular Focus on Histone and Histone Replacement Proteins Microorganisms 6 4 14 dekabr 2018 128 doi 10 3390 microorganisms6040128 PMC 6313786 PMID 30558155 Riaz S Sui Z Niaz Z Khan S Liu Y Liu H Distinctive Nuclear Features of Dinoflagellates with A Particular Focus on Histone and Histone Replacement Proteins Microorganisms 6 4 14 dekabr 2018 128 doi 10 3390 microorganisms6040128 PMC 6313786 PMID 30558155 Kateqoriyalar BiokimyaGenetikaMolekulyar genetika